על ידי עיסוק בחומרי היצירה, חושף יונתן צופי את האיכויות והניואנסים הנסתרים שלהם, ומאפשר להיבטים הללו להתעורר לחיים ביצירתו. יצירתו נגזרת ביסודה מהיחסים שלו עם איכויות הנייר – שבירותו, השקיפות למחצה והרזון של החומר משמשים בסיס לחקר האמנותי שלו.